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目前，被认为适合于质子治疗的原发性脑肿瘤有：
1)恶性神经胶质瘤(WHOGradeⅢ、Ⅳ等恶性髓内肿瘤、恶性神经胶质瘤等)
2)手术摘除困难的脑膜瘤、神经鞘瘤等髓外肿瘤。
治疗方法因种类和部位不同而异，但基本原则都是仔细调整质子的照射方向和剂量，尽量减少对周围脑组织的照射，将高剂量集中于肿瘤部分进行照射。此时，需特别注意为了不造成伤害，让眼球(尤其是水晶体)、视神经、脑干、视床下部尽量脱离照射野。
上图是脑深部肿瘤的治疗计划。在尽量避开眼球等部位的同时，从三个方向让质子束集中于肿瘤部位。右图是实际照射时的情况。治疗时间：3周～6周
年，世界第一台治疗用的重离子设备诞生在日本国立放射科学研究所（简称放医研，NIRS）。当时的重离子中心院长辻[shí]井博彦成功的实施了世界首例肿瘤重离子治疗，被日本医疗界称为重离子之父。欧洲，德国、意大利在美国的研究基础上，陆续开展了重离子治疗的研究，并分别建造了重离子治疗中心。
尽管重离子治疗的研究在迅速发展，但由于投资成本高（重离子中心的建造成本是质子中心的2倍以上），治疗范围又和质子治疗差不多，出于卫生经济学考虑，全世界开展重离子治疗的国家并不多。
全球质子治疗费用对比（一周期）
地区
当地费用
折合人民币
美国
10-18万美元
70-万
加拿大
20万加元
万
英国
11万英镑
97万
德国
5-6万欧元
38-46万
瑞士
11万欧元
85万
日本
万日元（重离子万日元）
15-19万（重离子32万）
韩国
4.5-4.8亿韩元
26-28万
上海
28万人民币
28万
从全球范围来看，目前欧美地区治疗费普遍高于亚洲，亚洲又以日本价格最低。
北美
目前美国仅提供质子治疗，价格按次收费，一个周期的治疗大约花费70-万人民币。而对于只有一个质子中心的加拿大来说，费用高达万人民币。
欧洲
英国国家医疗服务体系NHS的统计显示，-年英国的质子治疗费用约合人民币97万元；但预计到年，费用会下降60%，约合人民币40万元；德国的费用约合人民币38-46万元。
亚洲
日本的质子治疗费用目前最低，为15-19万人民币，我国上海质子中心的价格为28万人民币。
综合对比日本质子重离子治疗最有优势
日本是全球拥有质子重离子治疗设备最多的国家之一。
14家质子机构，6家重离子机构，医疗资源充裕。
日本质子重离子设备技术先进，领先全球。
拥有全球唯一的重离子°旋转机架和呼吸门控技术。
日本质子重离子治疗病例多，技术商用成熟，医生经验丰富。
截止年底日本重离子治疗病例数例，占全球重离子病例总数80%
截止年底日本的质子治疗病例数例，技术商用也已经相当成熟。
全球80%的重离子治疗在日本完成，其中日本放射线医学综合研究所完成的就有例。
日本质子重离子治疗费用全球最低，且距离中国最近。
日本由于医疗资源充裕且有富余，质子重离子癌症治疗费用全球最低，且日本距中国只有2小时的飞行距离，便于患者前往。
质重治疗只是放疗的一种，是局部治疗的手段，对于质重治疗，其生物学效应优势非常显著，可以明显改善癌症患者的生存质量。但对于同一种癌症，质重治疗与传统放疗相比，生存期能明显提高。
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